Il caos sul riparto dei seggi in Puglia non riguarda solo i singoli candidati rimasti fuori, ma investe direttamente anche due forze politiche che, pur avendo superato lo sbarramento del 4%, non hanno ottenuto alcuna rappresentanza in Consiglio: Alleanza Verdi e Sinistra e Avanti Popolari. Entrambi le liste sono pronte a presentare ricorso.
Secondo AVS e Avanti Popolari, la soglia del 4% sarebbe stata determinata non sui voti validi delle liste, come previsto per coerenza statistica e come avviene nella maggior parte dei sistemi elettorali regionali, ma sui voti ottenuti dal candidato presidente.  Avanti Popolari, che schierava tre consiglieri uscenti (Ruggero Mennea, Sergio Clemente e Antonio Leoci), e AVS, guidata da Nichi Vendola, parlano di una distorsione grave che rischia di falsare la composizione del Consiglio regionale. I due partiti chiedono quindi un riconteggio secondo i parametri corretti e l’immediato riesame dell’attribuzione dei seggi. Il contenzioso si aggiunge al clima già teso post-voto e rimette al centro, dunque, il nodo mai sciolto della riforma della legge elettorale pugliese. Nella Bat sarebbero in dubbio i seggi di Vurchio e Ferri i quali, sarebbero pretesi da Blasi a Lecce e Damascelli a Bari. Pronto ad un ricorso, a quanto pare, anche l’assessore uscente al Turismo Gianfranco Lopane che non sarebbe stato eletto dalla lista per la Puglia per soli 9 voti.