Di seguito il comunicato di Ferrotramviaria che interviene in merito alla notizia di una nuova indagine per malversazione, in cui si sottolinea che la malversazione è inesistenze e il corretto utilizzo dei fondi è controllato dall'EU:
“La supposta malversazione è inesistente in quanto i corrispettivi del contratto di servizio giuridicamente non sono considerati denaro pubblico", inoltre "il ministero ha stabilito i corrispettivi da riconoscere alle aziende sulla base dei costi storici, i quali coprono solo in parte i costi di esercizio, in quanto la restante parte viene coperta dai proventi del traffico, restando a carico del contraente (Ferrotramviaria) il rischio di impresa in caso di manata copertura dei costi operativi". E ancora: "Il corrispettivo fatturato alla Regione Puglia per la gestione e manutenzione dell'infrastruttura viene totalmente speso per gli interventi a cui è destinato".
Inoltre: "Le attività di sviluppo della rete sono finanziate da fondi diversi da quelli di contratto di servizi, ovvero da fondi nazionali e/o europei, di cui i Ferrotramviaria è destinataria quale soggetto attuatore della Regione Puglia e non come titolare del contratto di servizio". Infine si sottolinea che: "i fondi dedicati alle tecnologie" anche finalizzate alla sicurezza e al raddoppio dei binari "sono stati tutti impiegati e il corretto utilizzo controllato dall'Unione Europea, la quale eroga i fondi solo in seguito alla rendicontazione prodotta".